关于十二经病的“是动”与“所生病”的涵义，千百年来众说纷纭。历代医家或从阴阳气血论，或从本经他经论，或从内因外因论，或从经络脏腑论等等。
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裘沛然认为，历代诸说虽各言之近理，但《内经》中“是动”的原意是从经气发生病理变化方面而言，“所生病”是从经脉和俞穴所主治的病证方面来说，两者相互补充和相互印证”。由病理变化而产生的症状，即是动病，也就是该俞穴的主治范围；而十二经脉所主治的病症（即主某所生病）也正由于该经经气的异常所导致”。他分析是动的“动”字，示经气之动乱，是主某所生病的“主”字，含有主管、主治的意义。它之所以分成两个部分叙述，“仅仅是古代医家从临床症状观察和治疗体验两个方面所获得的材料之汇合”。据此就不难理解它们在内容上既有重复，也有补充。
关于奇经八脉问题历来未能引起学术界的足够重视，明代李时珍独对此作过整理阐发。５０年代裘沛然曾发表《奇经八脉循行经路考正》一文，在李氏基础上进一步对奇经的循行路线详加厘订，勘谬正误，为后来的教科书所征引。１９６０年，又在《文汇报》上发表了《奇经八脉研究》，展示了他对该领域的研究成果。文章首先肯定奇经八脉具有“经脉”的性质，起着主导作用；同时兼具“络脉”的特点，发挥着联络、灌溉的效能；加之其在走向径路与脏腑联系等方面有别于一般经脉，故以“奇”命名。他归纳奇经有联系、渗灌、统辖、主导诸经的生理作用。
长期以来，人们对奇经八脉的病候及其治疗多不甚深究。裘沛然对此别有心得，认为“中医临床应用的药物与方剂，几乎无不可以治奇经疾患”，针灸治疗亦然，除任督二脉外，其余六脉脉气所发之穴位，均附寄于十二经脉的俞穴，故在治疗配穴上有相通的意义。”治疗奇经疾病的方法，不离于该奇经所统属的经脉或脏腑范围，采用能入原来经脉的方药或俞穴，运用得当，即可获得佳效”。
历代医家都认为温病学说开创于明清时代，裘沛然则指出孙思邈是“温病治法的创导者”，并以大量的例证说明治疗温病的表理双解、气营两清、清热解毒、甘寒生津、芳香开窍等治温要法，实胎息于《千金要方》和《千金翼方》，为温病治疗作了溯流探源的揭示。