裘沛然在１９７９年担任上海市政协委员，１９８３年任市政协常务委员，１９８８年兼任市政协“医卫体委员会”副主任，经常在市及兄弟省市的医药单位及教学单位进行调查研究和考查工作，对振兴中医事业和其他卫生保健工作及教学方面的问题提出自己的意见，为政府献计献策。
自１９５８年以来，裘沛然主持和参加编写的讲义、著作达２６种，如主持编写的有：《针灸学概要》、《针灸学讲义》、《经络学说》、《腧穴学》、《刺灸法》、《针灸治疗学》、《针灸学》、《简明中医辞典》、《中医大辞典》，还参加编纂《辞海》、《汉英医学大辞典》，审定《中医人物词典》，编审《针灸学辞典》，所撰论文３０余篇，其中一篇获中华全国中医学会优秀论文一等奖，另一篇获全国十家期刊优秀论文二等奖。他的力作《壶天散墨》一书，议论精辟，文笔优美，受到广大读者的欢迎。
裘沛然是一位医生，也是一位学者，他以广博的文史和科学知识，被华东师范大学和上海市同济大学聘为兼职教授。他虽将近望八之年，仍深深感到自己“知识浅薄”、“名浮于实”而勤奋不倦地研究学问。
裘沛然能诗善文，１９８９年除夕之夜，曾感赋一绝：“学如测海深难识，理未穷源事可疑，诗到换年浑是梦，世犹多病愧称医。”寥寥数语，体现了他好学不倦，老而弥笃追求真理的精神。
中医理论方面的建树
裘沛然在学术上远绍旁搜，对灵素仲景之学及历代医学理论的沿革发展研究颇深。在经络的研究、对中医历代各家学说的心得、伤寒温病学的融合等方面发表了许多新的见解，撰写了２０余部著作。
力倡“伤寒温病一体论”.
汉代医学家张仲景著《伤寒杂病论》开辨证施治之先河，为治疗外感热病树立圭臬。清代名医叶天士创温病论，他提出伤寒主六经，温病主卫气营血，是两门学问。自叶氏之说兴，在中医界引起伤寒和温病两个学派长期的论争。
裘沛然经长期研究认为，六经和卫气营血是否是一回事，不要只听名词之不同，而要仔细分析两者所表现的具体证候的异同，必须从其临床具体表现的实质内容进行分析。