法律规定加班费应比正常工作时的工资高出20%，但是很多企业在计算加班费时存在很多错误，以至于产生少付加班费的现象。有的企业不仅在加班费上不按法律支付实习生工资，在正常工资的支付上也存在着问题。
另外，不分实习生和研修生的差别，在研修生转为实习生后，仍把实习生当作研修生对待，不按劳动法让实习生加入各种保险，剥夺实习生各种权益的现象也比较严重。
虽然日本为了填补中小企业的劳动力不足不断扩大引进研修生，但是研修生的生活费(研修补助金)却是越来越低，1997年的“团体监理型”研修生的平均研修补助金为85554日元，而到2004年降至64024日元；1997年的“企业单独型”研修生的平均研修补助金为105200日元，而到2004年降至84819日元。而实习生的平均工资也呈不断下降趋势。
最近几年也发生了多起典型的侵犯研修生和实习生人权的事件，其中最恶劣的有：
1998年8月3日，千叶县铫子市爆发了特大榨取中国研修生工资事件。219名中国研修生在繁重的劳作中，每月仅获得3.6万日元的报酬。食难饱腹的劳工终于忍无可忍，静坐抗议，由此揭出了铫子市“全国生鲜食品罗杰士迪库司协同组合”理事长铃木进和理事鸠田晴美合夥侵吞研修生等血汗钱1.0173亿多日元的特大榨取案。
1999年11月4日，茨城县鹿岛郡的46名中国研修生终于忍受不了对其人格的污辱，向媒体揭露多次被日方“处罚”下跪遭遇。周中良等人在信中说：“我们研修生也是人，为什么非要逼我们下跪领工资？”
研修生们控诉说：雇主限制他们的行动自由，在认为他们“违反”公司的“规矩”时，无理要求他们集体下跪。
2005年2月19日，在日本福井县崱醭莗春江町织物会社就职的中国女研修生佟岩(25岁)，被日本男性职员重殴，因不堪忍受日本男同事对其殴打的屈辱，佟岩于2005年3月28日，已正式向福井县地方法院提诉。
三、研修生和实习生大逃亡原因之二：中国一些送出单位助长日本企业侵犯人权
有一部分中国研修生送出企业和组织，在中国研修生来日以前，要求研修生和送出企业签保证书，并交纳高额保证金，如有“违反誓约”的现象发生，将不返还所交纳保证金。