首长
大教长(The Prince and Grand Master),事务大臣(The Grand Commander), 外务大臣(The Grand Chancellor),医务大臣(The Grand Hospitaller),财务大臣(The Receiver of the Common Treasure)
行政
其政府系由以下机关所组成：
国务委员会(Council Complete of State),大议会(General Chapter),政务议会(Sovereign Council), 政策委员会(Government Council), 审计部(Board of Auditors),传播部(Communications Board)
立法
法务办公室(The Office of Advocate General)是根据法规成立的合法协调机关，由独立且熟悉组织事务的专业法学家及学者组织，成员为法务长和两名办事员，三者均由大教长指派并经政务议会同意任命，每三年选举一次。每当组织碰到特别复杂法律事务或必要案件时均需向该办公室寻求协助。
司法
司法委员会(Juridical Council)负责提供大教长有关司法方面之专业知识，也是政务会议的司法咨询机构。由正副主席、秘书长和四名委员组成，其成员均由政务会议向大教长推荐任命，被推荐的骑士在宪章、国际法及教规方面都有专业学问。
独立法院(Magistral Courts)由院长、法官及陪审团所组成，其人选由大教长指派且经政务议会同意任命，审判常规依照教廷之规定，若国际法及宪章未提及之要求，独立法院通常也是国际纠纷的仲裁机关。
外交
马耳他骑士团的特殊历史及现世非常态情况而言，其争论有个大致的定义即马耳他骑士团为一主权实体比为一个国家的定位更恰当。骑士团共有两栋享有治外法权的建筑位于罗马，一为总部马耳他宫，是大教长官邸及政府行政中心。一为马耳他部，主管者为罗马修道院院长，该部是马耳他骑士团外交部，也是驻意大利暨驻教廷大使馆。