离开了马耳他岛之后，骑士团失去了领土，但作为一个组织仍然存在。1834年骑士团在罗马重建总部，终于再次稳定下来。骑士团的军事使命已经完结，此后主要从事慈善事业。今天，马耳他骑士团在联合国享有永久观察员的地位，它设在罗马的总部马耳他大厦是它唯一的领土——它可能是世界上最小的国家了。
团名、旗帜与徽章
耶路撒冷、罗得岛及马耳他圣若望独立军事医院骑士团，较为人熟悉的名字是马耳他骑士团，它是受国际法所接受的主权独立天主教修道会，并于1994年8月24日成为联合国的永久观察员，但其主权地位受到一些学者的争论。马耳他骑士团是中古世纪医院骑士团的主要传承者，而现在则是以一宗教慈善医疗组织在运作。
耶路撒冷、罗得岛及马耳他圣若望独立军事医院骑士团是正式全名，但较常称为马耳他骑士团，中国官方译为马耳他军事主权教团。马耳他骑士团在世界各地有许多修道院及分会，但也有部份与骑士团本身无任何关系，包括一些使用马耳他骑士团当组织名的诈骗集团。
组织旗帜分为国家旗及代表旗。国旗是红色长方形内有一白色十字，又叫做圣若望旗。根据约瑟波赛(Giuseppe Bosio)所撰写的骑士团史一书中纪录，1130年教宗诺森二世颁布教令，参与战争的宗教组织均需佩有白色十字的红色盾牌，教宗亚历山大四世后来强迫1259名获准参战的骑士穿上拥有白色十字的红披风，自此之后白色十字渐成为骑士团的正式符号。现在该旗帜飞扬在位于罗马的主权独立机关顶端，且用于大教长或政务议会成员的官方会议上。代表旗用于修道院正副院长、六十四个国际分会及一百多个驻外机构，还有在世界各地的医院、医学中心及门诊部、救护组织、基金会和特殊联合单位。图案是八角十字配红色底，第一次使用八角十字图案是用于第廿五任大教长维拉瑞特时发行的硬币上。
马耳他骑士团骑士徽章教会徽章分为骑士徽章和代表徽章，第七十八任大教长有个人专属徽章。正式骑士徽章图案是八角十字位于红色椭圆形内部，周围被玫瑰经图腾包围，最外围是皇家布幔及顶端有个皇冠。该徽章用于修道院正副院长、国际分会及驻外代表机构。另一个徽章是用于遍布世界各地的医护人员及人道援助工作者，图案是一个白色八角十字位于红色盾型内。
政治
马耳他骑士团为一宗教及慈善性质且受国际法承认之主权实体(Sovereign Entity)，该组织被赋予发行自己的护照、邮票、公共建筑及司法独立等权利。宪法由骑士团宪章及骑士法规所组成，现行宪法是1997年修改过的版本。