非淋菌性尿道炎的表现与淋病相似。那末，怎样才能诊断非淋菌性尿道炎呢？最重要的是尿道炎患者的尿道分泌物涂片和培养均找不到淋球菌。此外，还应考虑下列几点：
1、有婚外性行为或配偶感染史，潜伏期1～3周；
2、典型的症状是尿道刺痒，伴有或轻或重的尿急、尿痛及排尿困难，男性有尿道粘液性或粘液脓性分泌物，尿道口发红，女性阴道白带多，下腹疼痛，宫颈水肿，有粘液脓性分泌物；
3、尿道或宫颈分泌物涂片革兰染色，在1000倍显微镜视野下多形核白细胞数大于5个。
在排除了淋病之后，凡符合上述3条标准中的2条，即可诊断为非淋菌性尿道炎。如患者有尿道炎症状，但检查时未见分泌物或显微镜未见有尿道炎的证据，应在7天内复查。复查前4～8小时不排尿。在复查时，如果仅符合一条标准，则应取首段尿作尿沉渣镜检，在500倍显微镜视野下如果多形核白细胞大于15个，也可确立诊断。非淋菌性尿道炎在临床上，第三条标准是比较重要的，有时其他标准不太明确和可靠，但如有上述的第三条标准，诊断也可成立。
在有条件的地方，能开展衣原体抗原检测试验、衣原体培养、支原体培养工作，则对诊断更有帮助。