许多妇女尤其是未婚妇女错误地认為，药物流產就像正常月经来潮一样，不会伤身体，不需要休息。实际上，药物流產与负人吸宫流產一样，都是人為干预妊娠的生理过程，在一定程度上会损害妇女的健康。
一、感染妇女服用抗孕药物后，子宫腔内的胚囊组织可在当天排出，有时妊娠组织物排出不全，子宫膜復旧欠佳，阴道出血时间较长，可持续2-3周，甚至1-2个月。长期慢性失血可引起贫血，使身体抵抗力下降。这时，细菌往往由阴道逆行，而引起子宫内膜炎癥。
二、不完全流產 有的妇女用药后因不完全流產，影响子宫收缩及子宫内膜创面的修復，使阴道流血量明显增多，超过平时月经量的2-3倍，严重者还可出现大出血，导致贫血、休克，此时需输血、并紧急手佔刮宫止血等。
三、影响以后的正常妊娠 未婚妇女如反復妊娠、反復流產，可造成子宫内膜反復受损。
由于子宫内膜有损伤，一旦她们需要正常妊娠，易发生前置胎盘，可引起產前大出血，也有些妇女由于多次人工流產而出现习惯性流產。四、月经失调 抗孕药物可以抑制卵巢的功能，影响卵泡的生长发育甚至排卵。个别妇女药物流產后，可发生月经失调，表现為月经周期缩短或延长，月经量增多。
药物流產只能有具有一定规模的医疗保健机构中使用，抗孕药物必须在医生的监护和指导下服用，切忌擅自在家中服药，如遇阻道流血不止，应及时去医院检查。